Istnieją różne metody czyszczenia szczotek garnkowych, a odpowiednią metodę czyszczenia można wybrać w oparciu o osobiste preferencje i szczególne okoliczności:
Użyj detergentu. Na szczoteczkę doniczkową nalej detergent, rozetrzyj go w dłoniach, a następnie spłucz wodą.
Używaj pasty do zębów. Nałóż pastę do zębów na szczoteczkę doniczkową, wyczyść szczoteczką wszystkie części szczoteczki do zębów, zwłaszcza wewnętrzną część miseczki. Można owinąć chusteczkę wokół szczoteczki do zębów, aby oczyścić trudno dostępne zakamarki, a na koniec spłukać czystą wodą.
Używaj naturalnych środków czyszczących. Np. dodanie proszku lub soku pomarańczowego do wody, szczotkowanie szczoteczką do kubków, czy gotowanie obierek ziemniaków w wodzie, a następnie czyszczenie szczoteczką do kubków, aby uzyskać efekt usuwania plam po herbacie.